تسعى الضمير لتحقيق الأهداف التالية

الهدف الأول: مناهضة التعذيب وغيره من ضروب المعاملة القاسية، أو اللاإنسانية والمهينة
الهدف الثاني: مواجهة الاعتقال التعسفي وضمان المحاكمة العادلة والنزيهة
الهدف الثالث: المساهمة في الضغط لسن قوانين فلسطينية تضمن مبادئ حقوق الإنسان والحريات الأساسية وضمان تنفيذها
الهدف الرابع: المساهمة في الارتقاء بالوعي المجتمعي تجاه قضايا حقوق الإنسان والديمقراطية وسيادة القانون