يتشكل مركز بديل من وحدتين متخصصتين هما وحدة حملة الدفاع عن حقوق اللاجئين الفلسطينيين، ووحدة الأبحاث والمعلومات والإسناد القانوني
تعمل وحدة حملة الدفاع عن حقوق اللاجئين الفلسطينيين على تدعيم هوية اللاجئين كوحدة واحدة من خلال الشراكة مع المنظمات المحلية والدولية، ودعم المبادرات الشعبية
وتشمل نشاطات الوحدة العديدة تنظيم ورشات عمل حول حقوق اللاجئين، وبعثات تقصي حقائق لدراسة حالات لجوء مقارنة، بالاضافة الى برامج إعلامية مقروءة، مسموعة ومرئية، ودورات تدريبية للنشطاء، وبناء القدرات للمبادرات المجتمعية
فيما تعمل وحدة الأبحاث والمعلومات والإسناد القانوني، على نشر العديد من الأبحاث باللغتين العربية والإنجليزية، لرفع مستوى التوعية حول حقوق اللاجئين الفلسطينيين، وتدعيم الحملة
وللوحدة اهتمامين خاصين بالجانبين القانوني والإعلامي
وتشمل نشاطات الوحدة على إصدار البحوث والأوراق العمل ومنها القانونية والكتب حول حقوق اللاجئين، وتنظيم ورشات عمل ورفع التقارير إلى الهيئات القانونية الدولية