يشرف على الجمعية مجلس إدارة مكون من ١١ عضوا منتخبا ، ويتم انتخاب أعضاء المجلس مرة كل أربع سنوات، بينما تقع على الجهاز التنفيذي للجمعية مسؤولية إدارة نشاطات وبرامج الجمعية اليومية، ويتكون الجهاز التنفيذي للجمعية من المدير العام و ٣٢٠ موظفا موزعين على أربع مديريات هي: مديرية صون الطبيعة و مديرية الاتصال والتواصل ومديرية الإدارة والشؤون المالية ومديرية برية الأردن