يتكون الهيكل التنظيمي في الشبكة من مستويات ادارية مختلفة، على النحو التالي :
١.الهيئة العامة: وتضم المؤسسات الاعضاء، ويناط بها انتخاب الهيئة التنسيقية، واقرار التقارير الادارية والمالية، وتعيين مدقق الحسابات، وهي الجهة التي تسائل الهيئة التنسيقية. تتكون الهيئة العامة من مجموع المنظمات الاهلية الفلسطينية صاحبة العضوية، وتناط بها المهام والصلاحيات التالية:
١.مناقشة وإقرار الوثيقة البرنامجية السنوية للشبكة والميزانيات المدققة
٢.مناقشة وإقرار الخطط السنوية المستقبلية.
٣.مراجعة تنفيذ السياسات البرنامجية والمالية للشبكة.
٤.إنتخاب أعضاء اللجنة التنفيذية للشبكة مرة كل سنتين مع إبقاء عضوين من اللجنة السابقة للحفاظ على استمرارية العمل.
٥. إقرار العضوية الجديدة في الشبكة وذلك بعد تنسيبها من قبل اللجنة التنفيذية.
٦.تعديل وإقرار النظام الداخلي للشبكة وذلك بموافقة ثلثي الأعضاء على الأقل.
٧.الاجتماع مرتين في السنة على الاقل.
٨.تشكيل اللجان المتخصصة داخل الشبكة كلما اقتضت الحاجة لذلك.
٢.الهيئة التنسيقية: وهي هيئة منتخبة من الهيئة العامة، وتتألف من احدى عشر عضوا في الضفة الغربية، وسبعة اعضاء في قطاع غزة. وتقوم بالمتابعةاليومية لجميع القضايا المتعلقة بعمل الشبكة. تجري انتخابات الهيئة التنسيقية كل سنتين، حيث يتم انتخاب هيئة تنسيقية في الضفة الغربية، وهيئة تنسيقية في قطاع غزة. يعملون بشكل طوعي وتناط باللجنة المهام والصلاحيات التالية:
١.العمل على تحقيق أهداف الشبكة من خلال وضع الخطط الادارية والبرامجية والمالية السنوية التي تقرها الهيئة العامة.
٢. إعداد برامج العمل التفصيلية المشتقة من الخطط السنوية.
٣.الاجتماع مرة كل أسبوع على الأقل والإشراف على العمل اليومي للشبكة، وعقد اجتماعات إضافية كلما دعت الحاجة.
٤.الإشراف على عملية استلام وصرف الأموال اللازمة وإعداد كشف الموازنة السنوي وتدقيق الحسابات.
٥.تقديم التقارير الإدارية والمالية السنوية للهيئة العامة.
٦.القيام بتجنيد الأموال اللازمة لضمان تنفيذ البرامج السنوية للشبكة بالتعاون مع الهيئة العامة.
٧.الإشراف على تسديد الاشتراكات السنوية من الأعضاء.
٨.قبول طلبات الانضمام من مؤسسات جديدة ومتابعتها وتقديم توصيات بشأنها للهيئة العامة خلال اجتماعاتها السنوية للموافقة عليها.
٩.القيام بتوظيف منسق الشبكة بالإضافة الى موظفين آخرين حسب احتياج الشبكة.
١٠.يمكن للجنة الاستعانة بعدد من المستشارين والخبراء في مجالات معينة من اجل تطوير عمل الشبكة.
١١. تقوم اللجنة التنفيذية بتمثيل الشبكة رسميا على المستويين المحلي والدولي، وذلك ضمن الأهداف المنصوص عليها في مقدمة هذه الورقة.
٣.مكتب التنسيق: ويتألف من جميع العاملين/ات في شبكة المنظمات الاهلية في الضفة الغربية وقطاع غزة، وتناط بهم جميع اعمال الادارة اليومية للشبكة، وهم مسائلين امام الهيئة التنسيقية.