تضم الجمعية العمومية لمؤسسة التعاون أكثر من ١٠٠ عضو عامل من الفلسطينيين والعرب البارزين، وتعقد الجمعية اجتماعا سنويا لمراجعة العمل وإقرار البيانات المالية المدققة والمسائل المتعلقة باستراتيجية عمل المؤسسة. ومجلس الأمناء المكون من ٤٠ عضواً والذي تقوم الجمعية العمومية بانتخابه كل ثلاث سنوات، يجتمع مرتين سنويا لصياغة سياسات المؤسسة واستراتيجياتها ولمراجعة أدائها.
ويقوم المجلس بالإشراف على أنشطة المؤسسة من خلال الهيئة الإدارية واللجان المتخصصة للبرامج والمشروعات، وتنمية الموارد، والإعلام، والاستثمار، وغيرها من اللجان الفنية.
تضم مؤسسة التعاون فريق عمل مكون من ١١٠ موظفا مسؤولين عن تنفيذ البرامج والمشروعات وتقديم التقارير لمجلس الأمناء ومختلف اللجان.
