تأسست كجمعية أهلية  بموجب شهادة تسجيل صادرة عن وزارة الداخلية الفلسطينية وفقا لأحكام قانون الحمعيات الخيرية والهيئات الأهلية رقم (١) لسنة ٢٠٠٠ م  QR- ١٩١-HR تحت رقم وذلك  يوم الاثنين الموافق ٢٥ / ٨ / ٢٠٠٣.       
مركز القدس للديمقراطية وحقوق الإنسان، جمعية فلسطينية أهلية مستقلة تأسست بمبادرة نخبة من المحامين والمثقفين والناشطين في مجالات الديمقراطية وحقوق الإنسان .
وهو حصيلة الخبرة الغنية المتراكمة لعدد من المؤسسات والشخصيات التي أخذت على عاتقها، مهمة الدفاع عن حقوق الإنسان، وتوطيد مبدأ سيادة القانون، وتنمية وتعزيز الديمقراطية في المجتمع الفلسطيني .
وقد جاء تأسيس المركزتطويرا لمركز الدفاع عن الحريات الذي تأسس عام ١٩٩٢ و استجابة للتطورات التي شهدتها الأراضي الفلسطينية المحتلة وخاصة اندلاع الانتفاضة الفلسطينية في الثامن والعشرين من أيلول عام ألفين ، كرد فعل طبيعي على ممارسات الاحتلال الإسرائيلي ، وانتهاكاته الجسيمة لحقوق الإنسان التي أخذت منعطفا خطيرا ضد الشعب الفلسطيني لا مثيل لها في تناقضها الصارخ مع القانون الدولي الإنساني ومع الشرعة الدولية لحقوق الإنسان ، ومع سائرالاتفاقات والمواثيق الدولية ذات الصلة. 
إن مواجهة هذه الأخطار الداهمة تملي ضرورة تطوير وإصلاح بنى ومؤسسات الدولة الفلسطينية العتيدة وإرسائها على أساس مبدأ الفصل بين السلطات الثلاثة: التشريعية والتنفيذية والقضائية، وتوطيد مبدأ سيادة القانون، وتعزيز استقلال القضاء، ومكافحة الفساد، وتكريس مبدأ المساءلة والشفافية وتعزيز وتنمية الديمقراطية، واحترام حقوق الإنسان، باعتبارها من أهم الضمانات الكفيلة بتحقيق العدالة والحرية والديمقراطية في المجتمع الفلسطيني .
إن مركز القدس للديمقراطية وحقوق الإنسان ، يدرك أن تحقيق هذه الغايات النبيلة، لا يمكن لها أن تتحقق بدون وقف الممارسات والانتهاكات الإسرائيلية الجسيمة التي يرتكبها الاحتلال الإسرائيلي، ضد الشعب الفلسطيني والتي تتناقض بشكل صارخ مع القانون الدولي الإنساني، ومع الشرعة الدولية لحقوق الإنسان، ومع سائر المواثيق والاتفاقات الدولية ذات الصلة، وصولا إلى جلاء الاحتلال عن الأراضي الفلسطينية المحتلة في حزيران عام ١٩٦٧، وضمان حق تقرير المصير للشعب الفلسطيني طبقا لميثاق الأمم المتحدة.

الأهداف :
 ومن هذا المنطلق يسعى المركز بالتعاون والتنسيق مع الهيئات الفلسطينية والدولية ذات الصلة من أجل تحقيق الأهداف التالية:-
١- تعزيز وتنمية الوعي بالديمقراطية ومبادئ حقوق الإنسان والقانون الدولي الإنساني في المجتمع الفلسطيني .
٢- رصد وتوثيق ومتابعة الانتهاكات وجرائم الحرب التي يرتكبها الاحتلال الإسرائيلي، والعمل من أجل رفع الدعاوى القضائية بشأنها إلى المحاكم الجنائية الدولية المختصة .
٣- الدفاع عن ضحايا الانتهاكات الإسرائيلية الناجمة عن ممارسة أعمال ( التنكيل، القتل العمد، الاغتيالات والاعتداءات الجسدية، الاعتقالات، التعذيب، الإبعاد، مصادرة الأراضي والاستيطان، تدمير وهدم المنازل، الحصار، الإغلاق، الفصل والتمييز العنصري….الخ) وتقديم المساعدة القانونية لهم .
٤- توطيد مبدأ سيادة القانون واحترام حقوق الإنسان في المجتمع الفلسطيني .
٥- العمل على إعداد المشاريع التي تدعم وتعزز الديمقراطية وحقوق الإنسان لدى الجهات المختصة.
٦- تعزيز المفاهيم والممارسة والتربية الديمقراطية في الأسرة والمجتمع بكافة شرائحه.
٧- العمل على إدخال القيم والمفاهيم الديمقراطية في المناهج الدراسية.