يضم المركز البرامج والوحدات التالية:
برنامج تعزيز دور المجتمع المدني في العالم العربي :
يهدف البرنامج إلى تعزيز العمل مع المنظمات غير الحكومية وحركة حقوق الإنسان والحركات الديمقراطية في العالم العربي في إطار أنشطة تستهدف التأثير على عملية صنع القرار في الدول العربية، تجاه قضايا وتحديات تفرضها وضعية حقوق الإنسان في العالم العربي. وذلك من خلال تعزيز التفاعل مع مختلف الآليات الدولية والإقليمية لحقوق الإنسان، وتنظيم مشاورات منتظمة حول أبرز القضايا الآنية بكل الوسائل المتاحة، بما في ذلك عقد منتديات مدنية موازية للاجتماعات والقمم الرسمية في كافة الأطر الإقليمية ذات الصلة، والتقدم بتوصيات المجتمع المدني إلى هذه الاجتماعات، والسعي إلى تمثيل المجتمع المدني بصفة مراقب فيها. ويسعى البرنامج أيضا إلى إدارة حوارات مع مختلف الفاعلين السياسيين والحقوقيين حول قضايا الإصلاح السياسي والتحول الديمقراطي، والقيام بدراسات وبحوث نظرية وتطبيقية حول إشكاليات احترام حقوق الإنسان في المنطقة.
برنامج تعليم حقوق الإنسان :
يهدف هذا البرنامج تعزيز تعليم ونشر حقوق الإنسان وتطوير أساليب وأدوات للتربية على القيم العالمية لحقوق الإنسان والديمقراطية من خلال عقد دورات وورش تدريبيبة، لقطاعات متنوعة مع تركيز خاص على الشباب. تهدف هذه الدورات إلى كسب المعارف الأساسية والتربية على مبادئ حقوق الإنسان، ورفع قدرات ومهارات العاملين بمنظمات حقوق الإنسان على استخدام الأليات الدولية والإقليمية لحقوق الإنسان. والعمل على دمج قيم ومبادئ حقوق الإنسان في مناهج التعليم بالمدارس والجامعات، وإجراء بحوث ودراسات حول قضايا تعليم حقوق الإنسان في العالم العربي.
وحدة النشر:
تعكس وحدة النشر أولويات وأنشطة برامج المركز كما أنها تسعى إلى مد المكتبة العربية بمؤلفات ومطبوعات متخصصة في مجال حقوق الإنسان والديمقراطية و تعمل على تشجيع الباحثين والباحثات في الدول العربية على تناول موضوعات متنوعة من زوايا متعددة، بما يساهم في نشر ثقافة حقوق الإنسان وتقديم رؤى وبدائل لتحسين وضعية حقوق الإنسان في العالم العربي. وقد ساهم المركز منذ تأسيسه بنحو ٢٠٠ عنوان في مجال حقوق الإنسان. تستهدف مطبوعات المركز قضايا التحول الديمقراطي ووضعية الحقوق المدنية والسياسية، و الحقوق الاقتصادية والاجتماعية والثقافية وحقوق المرأة، في العالم العربي، والإشكاليات ذات الصلة بالثقافة العربية والدينية، وبتطور الحركات الاجتماعية والسياسية، وبالتحولات السياسية العربية وأثرها على حقوق الإنسان. كما تولي وحدة النشر عناية خاصة إلى قضايا وإشكاليات تعليم حقوق الإنسان، والموضوعات ذات الطبيعة الفكرية والفلسفية مثل العالمية والخصوصية، ومجالات التباين بين التكوين الراهن للثقافة العربية والشعبية والقانون الدولي لحقوق الإنسان.
الإصدارات الدورية:
رواق عربي: وهى مجلة فصلية تستهدف دراسة الواقع العربي من منظور حقوق الإنسان وتطورات القانون الدولي لحقوق الإنسان. وتسعى المجلة إلى اكتشاف وتحليل الإشكاليات التي تواجه نشر وتوطيد مبادئ وقيم حقوق الإنسان في العالم العربي.
سواسية: نشرة تصدر كل شهر وتنشر المعلومات حول أنشطة المركز ومشروعاته، بجانب المعلومات المتعلقة بالنقاشات الجارية حول قضايا حقوق الإنسان. وهى تسهم في رفع الوعي بحقوق الإنسان وسط طيف واسع من القراء.
المكتبة:
تشكل مكتبة مركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان قسما هاما من نشاط المركز. وتعتبرالمكتبة واحدة من المكتبات القلائل المتخصصة في مجال حقوق الإنسان في مصر والعالم العربي. تحتوي المكتبة على عدد كبير من الكتب والدوريات والمراجع باللغة العربية والإنجليزية و الفرنسية.تشتمل المكتبة على أكثر من ستة آلاف كتابا باللغة العربية وحوالي أربعة آلاف كتابا باللغة الإنجليزية وعدد محدود من الكتب الفرنسية. ويشكل موضوع حقوق الإنسان المادة الأساسية للكتب التي تضمها المكتبة بالإضافة إلى مجموعة كبيرة من المراجع في مجالات مختلفة ذات صلة منها التاريخ والأدب والاقتصاد و الفكر السياسي والديني و النوع الإجتماعي والمرأة والطفل وتضم المكتبة ايضا كافة إصدارات المركز .