يتم تنظيم العمل بالجمعية لتحقيق الأهداف وتنفيذ الأنشطة المختلفة من خلال وحدات داخلية لكل برنامج يكون هناك مسئول يعمل على تنفيذ ما يطلب منه من أعمال تحت إشراف المدير التنفيذي مع الاستعانة بالمستشارين المتخصصين في تلك المجالات لإثراء الأفكار وتطوير أسلوب التنفيذ لزيادة فاعلية تأثير تلك البرامج على المجتمع.
ومن أهم المهام التي يقوم بها مسئولي الوحدات ما يلي:
١- صياغة المشروعات وكتابة مقترحاتها
٢- وضع خطة تمويل المشروعات والتخاطب مع الجهات والهيئات الممولة والمانحة للمشروعات المختلفة للجمعية.
٣- القيام بتنسيق العمل بين المشروعات المختلفة
٤- القيام بمهام التدريب في المشروعات التي تقوم بها الجمعية.
٥- وضع وكتابة المادة التدريبية لكل من التدريب الداخلي والتدريب بالمشروعات.