تأسست كلية اللاهوت للشرق الأدنى في القرن التاسع عشر من قبل المرسلين الاميركان الذين أسسوا الجامعة الأميركية في بيروت حيث تزامن تأسيسهما في نفس الفترة. وكانت تحمل أسماً آخر غير أنه منذ ١٩٣٢ وهي تحمل اسمها الحالي. وحصلت على رخصة التعليم العالي من وزارة التربية اللبنانية سنة ١٩٦٦.
أما أهداف المؤسسة فهي تختصر بالتالي:
أ- إعداد قادة للكنائس الانجيلية في الشرق الأوسط
ب- إعداد مربين ومعلمين للمدارس التابعة لهذه الكنائس
ج- تشجيع الحركة المسكونية على صعيد الشرق الاوسط والعالم
د- المساهمة في نشر ثقافة الانفتاح والتفاهم بين الاديان والحضارات محلياً وعالمياً.