أصبح للمؤسسة أقسام ومراكز علمية تقدم خدماتها لطلبة العلوم الحوزوية والأكاديمية والمجتمع بصورة عامة وسنذكرموجزاً عن كل قسم من أقسام المؤسسة التي تم افتتاحها الى هذا الوقت وهي كما يأتي

   قسم الذخائر للمخطوطات

ذكرنا فيما سبق أن هذا القسم من الأقسام الأولى التي أنشئت في بداية إقامة المؤسسة, والهدف الذي يصبو إليه العاملون في هذا القسم هو جمع ما أمكن الحصول عليه من المخطوطات والحفاظ على هذا التراث العلمي ونشره وتوزيعه مجاناً, الذي هو من حصيلة جهود الأفذاذ والنوابغ من ثمار قرائح علمائنا الأعلام في مختلف فنون المعرفة, علماً أن هذه الكنوز بقيت محجوبة في بيوت العلماء وأسرهم ولم يخرج منها إلا النزر القليل, وما زالت تلك اللآلئ مركونة على الرفوف ومخزونة في السراديب تنتظر من يخرجها إلى النور وينشرها على الملأ ويزيل عنها ركام الزمن وغبار الأيام.وبالطبع كانت هناك جملة أمور ساعدت على عدم نشر ذلك التراث وإبقائه مستوراً في البيوت بعيداً عن النشر منها الظرف العام متمثلا بالسلطة المبادة التي سعت سعياً حثيثاً إلى طمس هذه الكنوز ودفنها ومحو آثارها فذهب الكثير من آثار علمائنا أيدي سبأ ونضاف إلى ذلك أنّ بعض المكتبات والشخصيات التي تمتلك المخطوطات امتنعت عن نشر ذلك التراث العلمي وأصرت على بقاء مخطوطاتها في الحفظ وأن لا ترى النور أبداً، وقسم أصبح يتاجر بها .ولا ننسى أن عملية النشر والطبع تستلزم الكثير من الإمكانيات المادية وغيرها في ذلك الوقت مما ساهم في بقاء تلك المخطوطات مطمورة في الزوايا والرفوف.

 قسم الوثائق والأرشفة

تمثل الوثائق أحد أهم المصادر التاريخية, فالباحث والمؤرخ لا يفتقر إلى شيء في مادته العلمية والبحثية كما يفتقر إلى الوثائق من مراسلات وإجازات رجالية وغير ذلك. فكان من مقدمة اهتمامات مؤسسة كاشف الغطاء العامة افتتاح قسم يهتم بجمع الوثائق وحفظها ليتسنى للأخوة الباحثين الاستفادة من هذه المادة العلمية وبفضل الله تعالى وعونه تم افتتاح هذا القسم عام ١٤٢٥هـ - ٢٠٠٥

وقد استطاع العاملون في هذا القسم الحصول على مجموعة كبيرة من الوثائق من مكتبة كاشف الغطاء العامة كخطوة أولى لما تحتويه هذه المكتبة من الأعلاق النفيسة والوثائق المهمة كما استطاع القسم أن يجمع عدداً من الوثائق من مكتبات أخرى إما عن طريق الإهداء أو الشراء أو التصوير.ونأمل أن تتعاون معنا المؤسسات والمكتبات الأخرى والشخصيات الكريمة [وَتَعَاوَنُوا عَلَى الْبِرِّ وَالتَّقْوَى

وخلال هذه الفترة الوجيزة أصبح القسم يحتوي على وثائق وطنية أصلية ومصورة ومراسلات تاريخية وملكيات ووقفيات ووصايا ونصائح وخطابات رسمية وفتاوى خطية لعلماء الدين وتراجم للشخصيات ومواقفهم وكذلك المجلات القديمة كما يتابع دورات المجلات الحديثة. وكل ما يمكن الحصول عليه يتم تصويره وإدخاله على الأقراص الليزرية وأما النسخ الأصلية فيتم ترميمها وصيانتها من التلف وإرجاعها إلى أصحابها.

يستقبل هذا القسم جميع الوثائق ليقوم بتصويرها وأرشفتها أرشفة علمية ومن ثم ترميمها وحفظها على الأقراص الليزرية وإعطاء صاحب الوثيقة نسخة من القرص الليزري. كما يتكفل القسم بتقديم خدماته لطلبة الحوزة العلمية والباحثين والمحققين والمؤرخين

 قسم التحقيق

لا يخفى على المتتبع ان المخطوطات والكتب القديمة لا يمكن الاستفادة منها عموما إلا بعد تقويم نصوصها وتخريج الآيات القرآنية والأحاديث ونسبة الأقوال إلى مظانها والتعرف بالأعلام المغمورين دون المشهورين وغيرها من الأمور المكملة لعملية التحقيق وكذلك تصحيح ما وَهمَ فيه الناسخ من جهة النحو واللغة وتوضيح ما غمض من معانيها لتكون من القارئ على طرف الثمام وكل ذلك لا يتأتى إلا لمن توفرت فيه ملكة التحقيق، فدعت الحاجة إلى افتتاح قسم التحقيق أحد أهم الأقسام التي ترعاها المؤسسة.يُدار هذا القسم بإشراف لجنة تحقيق تضم بين أعضائها طلبة علوم دينية من الحوزة العلمية في النجف الأشرف وكذلك محققين وباحثين من طلبة الدراسات العليا (الماجستير والدكتوراه) لاستثمار الطاقات من كلا الجانبين الحوزوي والأكاديمي.

إن إخراج وتحقيق أية مخطوطة إنما يتم بعد الاتفاق على منهج خاص للمخطوطة وقد يختلف ذلك المنهج من مخطوطة إلى أخرى فلا بد من وضع خطة للدراسة تتناسب مع ظروف المخطوطة.

 قسم الطباعة والنشر

ما من شك في أن للطباعة والنشر أثرهما البالغ في احياء التراث الاسلامي وبث الوعي والتبليغ في المجتمع ومن هذا المنطلق دأبت المؤسسة على الاهتمام بهذا القسم وتوفير اللوازم المنوطة به.وقد استحدث هذا القسم في عام ١٩٩٧م ليوفر لطلبة العلوم الدينية بعض الكتب المنهجية التي تدرس في حوزة النجف الاشرف.ومن ثم توسع العمل في هذا القسم من خلال إدخال بعض المخطوطات على برنامج  (word)وبغض النظر عن كونها محققة أم لا, فحتى عام ٢٠٠٤م تم تنضيد وإدخال أكثر من ١١٠ مخطوطة كثير منها لم يحقق بعد, وقد طبع قرص خاص بهذه المؤلفات 

قسم المكتبة العامة

إن للمكتبات دورها الفعّال في تغذية العقول وتنمية المعارف وصقل المواهب وحفظ نتاج قرائح العلماء والمفكرين ونشر ثمار الثقافة العامة وهي المعين الذي لا ينضب للكتاب والباحثين في مختلف ضروب المعرفة

كانت النواة الأولى لهذه المكتبة ما تركه الشيخ الأكبر الشيخ جعفر كاشف الغطاء (قدس سره) ت١٢٢٨هـ الجد الأعلى لأسرة آل كاشف الغطاء, فكانت بذرة صالحة في أرض ٍ صالحة [وَالْبَلَدُ الطَّيِّبُ يَخْرُجُ نَبَاتُهُ بِإِذْنِ رَبِّهِ]. إلى أن انتقلت إلى الشيخ هادي كاشف الغطاء فأضاف إليها كتباً ومخطوطات فريدة فتضاعفت أعدادها بأضعاف مضاعفة [كَمَثَلِ حَبَّةٍ أَنْبَتَتْ سَبْعَ سَنَابِلَ فِي كُلِّ سُنْبُلَةٍ مِائَةُ حَبَّةٍ وَاللَّهُ يُضَاعِفُ لِمَنْ يَشَاءُ وَاللَّهُ وَاسِعٌ عَلِيمٌ]. ومن ثم انتقلت إلى الشيخ محمد رضا فغذاها بنفائس الكتب ومن بعده الى المرحوم الشيخ علي آل كاشف الغطاء فحافظ عليها وأتحفها بما يفوق ضعف الأضعاف

وتعد هذه المكتبة اليوم أحد أقسام المؤسسة بعد أن كانت تتخذ من دار آل كاشف الغطاء القديم في منطقة العمارة مقراً لها حتى وفاة متوليها (قدس سره) حيث انتقلت محتويات المكتبة الى نجله الدكتور الشيخ عباس كاشف الغطاء, فنقلها إلى مقرها الحالي لتقدم خدماتها المتواصلة إلى طلبة العلم والأدباء والكتاب والباحثين. كانت هذه المكتبة كما أشار إليها دليل الجمهورية العراقية تحتوي على (٥٠٠٠) مجلد في مختلف المواضيع الدينية والأدبية واللغوية والتاريخية و (٦٠٠) مخطوطة في وقت تأسيسها الأخير في مطلع القرن الرابع عشر الهجري على يد الشيخ هادي كاشف الغطاء, أما اليوم فقد أصبح مجموع كتبها يربو ٦٠٠٠) مخطوطة ١٢٠٠٠) مجلد و ومن مزايا هذه المكتبة البارزة أنها تحتوي على مجموعة كبيرة من المطبوعات القديمة النادرة التي هي اليوم بحكم المخطوطات.والمكتبة مازالت مفتحة الأبواب وتستقبل الكثير من طلبة العلوم الدينية والدراسات الاكاديمة

 قسم المكتبة الالكترونية

إن السير جنباً إلى جنب التطور العلمي لاسيما في مجال الالكترونيات يعد اليوم سراً من أسرار النجاح, بل أصبح ضرورة لا يمكن للباحث الاستغناء عنها فلا بد للباحث والمحقق من أن يستثمر ذلك النتاج أفضل استثمار.ومن هذا المبدأ بادرت مؤسسة كاشف الغطاء العامة إلى استحداث قسم خاص باسم "قسم المكتبة الالكترونية" يأخذ على عاتقه تقديم التسهيلات للأخوة طلبة الحوزة العلمية والمحققين والباحثين والمثقفين وتقديم العون لهم والاستشارة في كيفية تشغيل تلك البرامج والاستفادة منها. وقد وفـّر قسم المكتبة الالكترونية كل ما يحتاجه الباحث من أحدث البرامج المنتجة وأُعدت استمارات بالبرامج ليتمكن الباحث من تشخيص البرنامج الذي يلبي حاجاته.

الاستمارة الأولى: دليل لأقراص المخطوطات الذي أنتجه قسم الذخائر للمخطوطات.

الاستمارة الثانية: دليل للأقراص البحثية ونعني بها الأقراص التي تحوي مكتبات ضخمة مزودة بإمكانية البحث السريع مثلاً برنامج المعجم الفقهي- الإصدار الثالث وبرنامج المعجم العقائدي وبرنامج جامع الأحاديث وغيرها الكثير الكثير, وفي مختلف الاختصاصات 

الاستمارة الثالثة: دليل لأقراص الدروس ونعني بها دروس المواد المتعارف دراستها في الحوزة العلمية كاللمعة والمكاسب ودروس في التفسير وغير ذلك.

الاستمارة الرابعة: دليل لأقراص البرامج العامة مثلاً برنامج الغدير وبرنامج الذكر الحكيم وبرنامج الموسوعة الطبيعية وبرنامج الموسوعة التاريخية وغيرها.

الاستمارة الخامسة: دليل لأقراص الأفلام الوثائقية والمناظرات العقائدية.ولقد بلغ عدد اقراص المكتبة الالكترونية أكثر من (٤٥٠) قرصاً ليزرياً ويوفر القسم مجموعة من أجهزة الحاسوب المطورة مع ملحقاتها ليتمكن الباحث من استثمار تلك البرامج.

 قسم البرامج الدينية

جاء افتتاح هذا القسم رغبة من المؤسسة في نشر الثقافة الدينية في أواسط المؤمنين وترسيخ العقائد الحقة في نفوس أتباع الشريعة الغراء.بدأ العمل في هذا القسم عام ١٤١٧هـ - ١٩٩٧م أيام حكم النظام الدكتاتوري, وبالإمكانيات الموّفرة تم والحمد لله إصدار البرامج الدينية الآتي ذكرها

أولا: برنامج الأبرار الذي يحتوي نبذة عن حياة كل المعصومين (عليهم السلام

ثانيا: برنامج زيارة إلى النجف الاشرفوالإصدارات اللاحقة له.ويهتم البرنامج بذكر نبذة عن حياة أمير المؤمنين وعن مدينة النجف الأشرف, وهو مزود بالكثير من الصور الفوتوغرافية القديمة والحديثة للمراقد والمقامات الموجودة في مدينة النجف الأشرف والكوفة وكذلك يعرض لقطات حية لبعض المواقع الدينية في مدينة النجف الأشرف. كذلك يعرض بعض القصائد والمراثي في حق أمير المؤمنين (عليه السلام) بالإضافة إلى عرض بعض خطب الإمام (عليه السلام) صوتياً.

ثالثا: برنامج الإمام الحسين (عليه السلام): ويعرض على هذا القرص نبذة عن حياة الإمام الشهيد (عليه السلام) ويتضمن البرنامج زيارة لسيد الشهداء وأخيه أبي الفضل العباس بالصوت والصورة. كذلك يعرض بعض الأفلام للمشاهد المشرفة وصوراً فوتوغرافية قديمة وحديثة للمراقد المقدسة. كذلك يعرض فيه بعض المحاضرات الدينية والخطب.

رابعا: برنامج الإمام السجاد (عليه السلام): يتناول هذا البرنامج عرض نبذة عن حياة الإمام السجاد (عليه السلام), ويعرض فيه الصحيفة السجادية المنسوبة إلى الإمام السجاد (عليه السلام) بالصوت والصورة, كذلك قراءة زيارة الإمام (عليه السلام) بالإضافة إلى عرض صور مرقده الشريف وفي البرنامج تسجيل لبعض الخطب والمراثي في حقهِ (عليه السلام 

خامسا:برنامج الصلاة: هذا البرنامج تعليمي يهدف إلى تعليم الصلاة بطريقة سهلة وممتعة, مدعوم بالرسوم المتحركة التي تُرَغِّب الطفل المسلم بأداء الصلاة على الوجه الصحيح. يتمكن الطفل من خلال هذا البرنامج أن يتعلم أفعال الوضوء والتيمم وأفعال الصلاة بالصور المتحركة, كذلك عرض لبعض المسائل الشرعية التي تتعلق بالصلاة. 

 قسم المؤتمرات والندوات والاحتفالات الدينية

لما كانت المؤتمرات العلمية والندوات الفكرية بيئة حضارية تعرض من خلالها الاطروحات والنتاجات العلمية تعد وسيلة نبيلة لمد الجسور بين طلبة العلوم الدينية وطلبة الدراسات الأكاديمية مما يعزز أواصر الارتباط وتوثيق العلاقات العلمية الرصينة, لذلك بادرت مؤسسة كاشف الغطاء العامة إلى فتح قسم خاص بشئون المؤتمرات والندوات. ينظم هذا القسم بالاستعانة بكادر متخصص بالإعداد والتهيئة للمؤتمر أو الندوة فتشكل لجان فرعية توزع عليها المهام, فلجنة إعلامية ولجنة تحضيرية ولجنة لتقييم الأبحاث المقدمة ولجنة إدارية.

 قسم الانترنت

تم افتتاح هذا القسم سنة ٢٠٠٣م ـ ١٤٢٣هـ أي بعد سقوط السلطة المبادة, وكانت الرغبة في افتتاحه موجودة قبل هذا الوقت وذلك للاعتقاد الجازم بالمنافع المترتبة التي يتشوق إليها طلبة الحوزة العلمية ولكن كان مجرى الرياح بما لا تشتهي السفن.