انطلقت مؤسسة محمد بن راشد آل مكتوم بمبادرة شخصية من صاحب السمو الشيخ محمد بن راشد آل مكتوم نائب رئيس دولة الإمارات العربية المتحدة رئيس مجلس الوزراء حاكم دبي، الذي خصص للمبادرة وقفاً قدره ٣٧مليار درهم (١٠ مليارات دولار)
وجاء الإعلان عن تأسيسها في كلمة سموّه أمام المنتدى الاقتصادي العالمي في البحر الميت - الأردن في أيار/مايو ٢٠٠٧
تهدف المؤسسة إلى تمكين الأجيال الشابة في الوطن العربي، من امتلاك المعرفة وتوظيفها لمواجهة تحديات التنمية، وابتكار حلول مستدامة نابعة من الواقع المحلي، للتعامل مع المشكلات التي تواجه مجتمعاتهم
وفي ٢٨ أكتوبر ٢٠٠٧، افتتح صاحب السمو الشيخ محمد بن راشد آل مكتوم مؤتمر المعرفة الأول في دبي، وأعلن سموه في كلمة الافتتاح عن انطلاق المؤسسة