يكون للمؤسسة مجلس أمناء مؤلف من رئيس وعدد من الأعضاء لا يزيد عددهم على العشرين من المتميزين في اختصاصاتهم المتعلقة بالإسلام وحضارته ولا يشترط فيهم عضوية الأكاديمية

يعيّن الرئيس ونائبه وأعضاء المجلس بإرادة ملكية سامية وتنهى خدماتهم بالطريقة ذاتها

يتولّى المجلس المهام والصلاحيات التالية
أ. الإشراف على إدارة شؤون المؤسسة
ب. وضع خطط عمل المؤسسة والإدارات التابعة لها
ج. مناقشة الموضوعات والبحوث العلمية التي يقدّمها إليه الرئيس واتخاذ القرارات المناسبة بشأنها
د . التوصية بتعيين أعضاء الأكاديمية العاملين
هـ. إقرار الهيكل الوظيفي والتنظيمي للمؤسسة
و. اقتراح الأنظمة لرفعها إلى مجلس الوزراء، وإقرار التعليمات الضرورية التي ينسّب المدير العام بها لتنفيذ أحكام هذا القانون
ز. أية أمور أخرى يحيلها الرئيس إليه

أ. يجتمع المجلس بدعوة من رئيسه أو نائبه في حال غيابه كلما دعت الحاجة إلى ذلك ويكون اجتماعه قانونياً بحضور أكثرية أعضائه على الأقل على أن يكون من بينهم الرئيس أو نائبه، ويتخذ قراراته بأكثرية أصوات الأعضاء الحاضرين
وفي حال تساوي الأصوات يرجّح الجانب الذي صوت معه الرئيس أو نائبه عند غيابه
ب. يجوز بقرار من المجلس دعوة كبار المسؤولين في المملكة من غير الأعضاء لحضور بعض اجتماعات المجلس

يعيّن المدير العام بقرار من المجلس بناءً على تنسيب من الرئيس ويحدّد بمقتضاه راتبه وعلاواته وسائر حقوقه المالية وتنهى خدماته بالطريقة ذاتها

يتولّى المدير العام المهام والصلاحيات التالية
أ. تنفيذ قرارات المجلس
ب. إدارة شؤون المؤسسة العلمية والمالية والإدارية
ج. الإشراف على الإدارات التابعة للمؤسسة وفق التعليمات التي يقرّها المجلس
د. تمثيل المؤسسة أمام المراجع والهيئات والمؤسسات الأخرى
هـ. إعداد مشروع الموازنة السنوية للمؤسسة وإصدار أوامر الصرف وفقاً لنظام مالي
و. تأليف الشعب العلمية واللجان المتخصصة لمختلف الموضوعات
ز. الإشراف على الأعمال العلمية للشعب واللجان والباحثين ومتابعة تقويمها
ح. تحديد مقدار الجوائز والمكافآت لقاء البحوث والمقالات والمحاضرات والمسابقات والتأليف والترجمة والتحقيق والمراجعة، وفق تعليمات يصدرها المجلس لهذه الغاية
ط. إعداد التقرير السنوي عن أعمال المؤسسة وأوجه نشاطها، وتقديمه إلى الرئيس
ي. إعداد التعليمات اللازمة لتسيير عمل الإدارات التابعة للمؤسسة وعرضها على المجلس
ك. أية مهام أو صلاحيات أخرى يكلفه الرئيس أو المجلس بها

أ. ينعقد المؤتمر العام للمؤسسة كلما دعت الحاجة بدعوة من الرئيس أو نائبه عند غيابه الذي يحدد مسبقاً موضوع المؤتمر وجدول أعماله
ب. يدعو المجلس من يراه مناسباً من غير الأعضاء إلى حضور المؤتمر العام

تسقط العضوية في أي من الحالات التالية:

أ. عضوية المجلس
الوفاة
الاستقالة
 التغيّب عن أكثر من أربع جلسات متتالية للمجلس بدون عذر يقبله الرئيس
الحكم على العضو بجناية أو جنحة مخلّة بالشرف

ب. عضوية العضو العامل في الأكاديمية:
الوفاة
الاستقالة
 التغيّب عن المؤتمر العام ثلاث مرات متتالية بدون عذر يقبله الرئيس
الحكم على العضو العامل في الأكاديمية بجناية أو جنحة مخلّة بالشرف

تتألف الموارد المالية للمؤسسة مما يلي
أ. منحة الحكومة الأردنية
ب. ريع أموال المؤسسة المنقولة وغير المنقولة
ج. الإعانات والتبرعات والهبات والمنح والوصايا وريع الأموال الموقوفة للمؤسسة
د. أي موارد أخرى يوافق عليها المجلس

تبدأ السنة المالية للمؤسسة ابتداءً من اليوم الأوّل من شهر كانون الثاني من كل سنة وتنتهي في اليوم الحادي والثلاثين من شهر كانون الأوّل من السنة ذاتها

أ. تنظم موازنة المؤسسة وحساباتها الختامية وفق الأصول المحاسبية المتعارف عليها.
ب. يعين الرئيس مدقق حسابات قانوني يتولّى تدقيق حسابات المؤسسة ومراجعتها وتحدد أتعابه بمقتضى القرار

تُعفى المؤسسة ومستورداتها والمعاملات الخاصة بها مباشرة من الرسوم والضرائب وأي عوائد حكومية أو غيرها

يتمتع الأعضاء في المؤسسة من غير الأردنيين بالامتيازات والحصانات التي تمنح لموظفي المنظمات الدولية التي تتخذ من عمّان مقراً لها

للمجلس بأغلبية الثلثين من أعضائه إحداث أنواع أخرى من العضوية في الأكاديمية، كعضوية الشرف، وذلك وفقاً للتعليمات التي يصدرها المجلس لهذه الغاية