تقوم المنظمة بتنفيذ مجموعة متنوعة من الأنشطة والبرامج وهي كالآتي:

أولا: التعليم غير النظامي :
حملات الرعاية الصحية الأولية : 
بدأت المرحلة الأولى عام ١٩٩٥ في أربعة معسكرات وجهزت المواد على اشرطة كاسيت تسمع من مسجلات واذيعت من محطة إذاعة كسلا المحلية.
في مارس ١٩٩٦م بدأت المرحلة الثانية تحت عنوان "الخطوات الأولى في الطريق إلى الصحة.
في عام ١٩٩٩م وفي قرى الهدندوة ومعسكرات النازحين بولاية كسلا وكذلك في عامي ٢٠٠٠ م و ٢٠٠١ م أجريت بنفس الطريقة حملة موسعة.

 محو الأمية :
١- محو الأمية في أوساط النازحين :
من أقدم برامج المنظمة وقد طبق في ولايات شرق السودان في أوساط اللاجئين ويستخدم كتب المجلس القومي لمحو الأمية وتعليم الكبار وكتب بلغة القرينا أعدتها المنظمة.  إنتقل البرنامج بعد ذلك لمنهجية المرآة REFLECT ويشرف على خمسين حلقة بتمويل من المفوضية السامية للاجئين.  وتم التزاوج بين منهجيتي المرآة والقرائية. 

٢- منهجية المرآة للمرآة النازحة بولاية كسلا :
نفذت المنظمة بتمويل من منظمة العون الكنسي برنامجاً لمحو أمية المرأة النازحة في ولاية كسلا. بدأ العمل بتكوين عشر حلقات تطورت إلى ثلاثين  باستخدام منهجية المرآةREFLECT  ونعمل في الوقت الحاضر في ثلاثين قرية تحولت منها عشرون إلى منهجية القرائية Building Literacy.

٣- تعليم الأساس للكبار من أجل التنمية :
وهو برنامج تنمية مجتمع تموله شركة تاليسمان ويطبق في ولاية الوحدة (ربكونا وفاريانق) وولاية غرب كردفان (بحيرة كيلك) ويستفيد منه مجموعات من قبائل عديدة (دينكا – نوير – مسيرية ... الخ) ويستخدمون لغاتهم المحلية ويسير البرنامج وفق طريقة المرآة  REFLECT ويطبق نفس البرنامج في شأن النساء النازحات في ولاية كسلا.  

٤- منهجية المرآة في جبال النوبة :
بتمويل من العون الكنسي تمكنت المنظمة  من فتح عشرة مراكز في عشر قرى بمنطقة جبال النوبة.  وافقت مؤخراً منظمة العون الكنسي على تمويل ثلاثين حلقة في ثلاثين قرية لمدة ثلاث سنوات وتسعى المنظمة للدخول في شراكة مع بعض المنظمات العالمية والمحلية.  تم الإتفاق مع منظمة  FAR لتساهم  في تمويل المشروعات المدرة للدخل للمستفيدين وكذلك مع منظمة CARE لتدريب العاملين في منهجيتي المرآة والقرائية اللتين تتبناهما المنظمة واتفقت مع المجلس النرويجي للاجئين لتدريب العاملين في نفس المضمار.  وبدأت المنظمة التفاوض مع منظمة التنمية الآن لتقديم خدمات زراعية وبيطرية وتدريب على منتجات زراعية وبيطرية. 

٥- مشروع بناء القرائية مع مطبعة سولو (ما بعد محو الأمية) :
يستهدف هذا البرنامج المتحررين حديثاً من الأمية.  تم تمويله بشراكة مع IEC و بدأ من عام ٢٠٠٠م وقد انتهى التمويل في ٢٠٠٥م. 
- بدأ في ٢٦ مركزاً يشرف عليها ٢٦ من ضباط الإتصال ولدينا الآن أكثر من ٦ الف مستفيد في ١٥٠ حلقة يشرف عليها قواد مجموعات متطوعون.  أنتج المتحررون حديثاً من الأمية حوالي ثمانين كتاباً مبدئياً و ٢٥ كتاباً قومياً و ٨ مجلات.
- تم إنتاج ٦ أدلة (مراشد) تعبر عن منهجية بناء القرائية تصلح لتكون دليلاً لكل من يريد أن يعمل في هذا المجال.  وقد اتفقت المنظمة مع بلان سودان وقول، أكورد، الإيقاد، اللجنة الدولية للإنقاذ، أدرا، أكندن انترناشيونال لتدريب كوادرها العاملة في مجال محو الأمية للتحول إلى منهجية القرائية. 
- أنشأت المنظمة وحدة للنشر مع المطبعة حتى تتيسر عملية انسياب وطباعة كتب بناء القرائية للمتحررين حديثاً من الأمية. 
-  تبنت اليونسكو طباعة الدليل الشامل للقرائية (Mother Manual) وعملت على عقد ورشة عمل تدريبية  للدول العربية عرضت فيها التجربة تحت عنوان "الدورة التدريبية لمنهجية بناء القرائية في إطار العقد الدولي لمحو الأمية) بعمان، الأردن ١١ – ١٤ يوليو ٢٠٠٤م.  كما تم عرض الدليل (الذي طبع باللغتين العربية والانجليزية) في سمنار بمعهد التربية جامعة لندن في ٢٩ يونيو للمؤسسات التعليمية عامة والعاملة في مجال محو الأمية خاصة والجهات الممولة. 

٦- بناء السلام في المجتمعات :
تم إعداد هذا البرنامج استجابة لطلب المفوضية السامية للاجئين. ويشكل البرنامج جسراً للتواصل بين مختلف القبائل.  يختار المشاركون أموراً محلية من بينها السلام – يتناقشون ويحللون في مجموعات يشرف عليها خبراء بحيث يساهم المشاركون ومجتمعاتهم المحلية في بناء السلام خاصة النساء. 

ثانيا: التعليم النظامي : 
بدأ تطبيقه عام ١٩٨٤ ورغم توقف دعم المانحين إلا أنه استمر يعمل بالعون الذاتي وله ثلاثة مستويات.
١- برنامج الأساس لمدة عام ويتوجب على المنخرطين فيه اجتياز امتحان خاص.
٢- البرنامج التنشيطي لعام لفائدة آخر مرحلة الأساس وأول المرحلة الثانوية.
٣- المستوى المؤدي لشهادة لندن ومدته عامان وسيعدل بحيث يؤدي لامتحان الشهادة السودانية.

ثالثا:  التعليم المهني : 
برنامج عون المعلم : 
بدأ أساساً لتدريب معلمي مدارس اللاجئين والنازحين وتم تعديله عام ١٩٨٩ لتدريب معلمي ومعلمات مرحلة الأساس في أثناء الخدمة واستفاد منه ما يربو على ٣٠ ألف معلم ومعلمة على نطاق القطر.  يتكون من خمسة كتب و ٤٨ وحدة دراسية تغطي مختلف المبادئ التربوية والتعليمية كطرق التدريس وعلم نفس الطفل والادارة المدرسية وحقوق المرأة والطفل وإشاعة ثقافة السلام والوقاية من الايدز ومحاربة ختان الإناث.  أعدت دراسات لاستخدام الراديو واشرطة الكاسيت.  شهادة البرنامج معترف بها من الدولة ومؤسسات التعليم العالي فبعض الجامعات – جامعة الزعيم الأزهري وجامعة جوبا – تقبل المعلمين الحاصلين عليها في السنة الثانية بدلاً عن السنة الأولى في كليات تدريب المعلمين. 

 تدريب الكوادر الصحية :
دعمته مفوضية اللاجئين ويتكون من ٢٦ كتابا  مدعما بحملات صحية عملية مثل إصحاح البيئة والصحة الشخصية والأمومة والطفولة فهو مصمم لفائدة العاملين بالمهن الصحية من غير الأطباء وهو مستمر الآن بالعون الذاتي.