استراتيجية الهيئة هى تقديم نموذج متميزمتكامل للعمل الخيري الإسلامى الحديث مقتدية في ذلك بالنماذج العظيمة للأعمال الخيرية في الحضارة الإسلامية.

 تتميزاستراتيجية الهيئة الآتى:
· الريادة في ترسية معالم الأسلوب المؤسسي في العمل الخيري إدارة وتنظيرا وممارسة.

· العمل ضمن منهجية تكاملية في تخطيط وإقامة المشروعات التنموية فلا تقتصر أعمال الهيئة على جانب واحد من جوانب العمل الخيري بل تتسع لتشمل جميع جوانب الحياة.

· تحقيق البعد العالمي في العمل الخيري تأسيسا وتمويلا واتفاقا وتنسيقا و يعد ذلك من أهم أركان استراتيجية الهيئة.

· التأكيد على استقلالية الهيئة وعدم تبعيتها لأي جهة بشكل مباشرأوغير مباشروبعدها عن المنازعات السياسية والصراعات العرقية تأكيدا لرسالتها الإنسانية المحضة وشفافية ووضوح أهدافها الخيرية.

·  تبنى الأسلوب العلمي المدروس في جمع التبرعات واستثمارها وتقديمها للمستحقين بما يتفق مع أهداف الهيئة وسياستها.

· الاهتمام بالإنسان وتنمية قدراته وإمكاناته ليكون عنصرا فعالا في مجتمعه قادرا على مساعدة نفسه وأهله وغيره من خلال البرامج التأهيلية والتعليمية والتدريبية.

· نشر الثقافة ومحاربة الأمية والجهل للارتقاء بالمجتمعات المحرومة حتى يمكنها تنمية مواردها وإمكانياتها.

· تمكين المجتمعات الفقيرة والمحرومة حتى تستغني عن المساعدات الخارجية وتعتمد على نفسها وتصير مستقلة قادرة على العيش في كرامة و ذلك من خلال مشروعات تنموية إنتاجية توفر فرص عمل للمحتاجين فتقضى على البطالة وتساهم في التحسن الدائم لأوضاعهم المعيشية.

· قبول المساعدات والتبرعات التي تتفق مع الشريعة مثل الزكاة والصدقات والأوقاف والوصايا ونحوها.

· تأمين موارد دائمة للعمل الخيري من خلال استثمارالتبرعات والصدقات غير المخصصة في مشاريع طويلة الأجل تنفق عائداتها على الأعمال الخيرية ويبقى الأصل.

· التنسيق والتعاون مع الهيئات والمنظمات الخيرية الإقليمية والدولية. وللهيئة تعاون وثيق ودائم مع كثير من المؤسسات العالمية، كما أنها عضو مؤسس في أكثر من مؤسسة دولية.

· القيام بدور فعال على المستوى الشعبي والمحلى بالتعاون مع كافة الجهات الرسمية والشعبية كما تحتضن الهيئة اللجنة الكويتية المشتركة للإغاثة.