الهيكل التنظيمى العام
المؤتمر العام
هو السلطة العليا في المنظمة. يرسم سياستها العامة وأهدافها الثابتة والمرحلية، ويراقب أعمال مؤسساتها.
يتألف من ممثلي بلديات المدن الأعضاء وينعقد في دورته العادية مرة كل ثلاث سنوات في إحدى المدن العربية.
يكون انعقاد المؤتمر صحيحا بحضور الأغلبية المطلقة للمدن الأعضاء ويتم اتخاذ القرارات بأغلبية أصوات الأعضاء الحاضرين ولكل بلدية صوت واحد ولا تجوز الإنابة في التصويت.
المكتب الدائم
يعتبر بمثابة مجلس إدارة للمنظمة يتولى الإشراف على شئون المنظمة وتصريف الأمور الخارجة عن اختصاصات الأمين العام، واتخاذ القرارات فيما يستجد من أمور خلال الفترات الواقعة بين دورات المؤتمر العام ينعقد في دورته العادية مرة كل عام.
يتألف من أمناء أو رؤساء بلديات العواصم العربية وإحدى عشر مدينة عربية ينتخبهم المؤتمر العام ورئيس بلدية المدينة التي ينعقد فيها دورة المكتب الدائم.
يكون انتخاب الأعضاء للفترة الواقعة بين دورتين للمؤتمر العام ويجوز إعادة الانتخاب لأكثر من مرة.
الهيئة الاستشارية العليا
تم تشكيل الهيئة الاستشارية العليا للمنظمة عام ٢٠٠٠، وتختص هذه الهيئة بمساعدة أمين عام المنظمة في الأمور الطارئة التي تستلزم اتخاذ قرار يتعلق بمسار المنظمة ومصلحة مدنها الأعضاء في الفترات التي تقع بين دورات المكتب الدائم، وحيث أن المؤتمر العام للمنظمة هو أعلى سلطة في المنظمة ويختص برسم سياستها العامة بما يتلاءم مع أهدافها، وحيث أن المكتب الدائم من مهامه اتخاذ القرارات اللازمة لتسيير أعمال المنظمة خلال الفترة الواقعة بين فترات انعقاد المؤتمر العام، فإن الأمر يقتضي بأن يستعين الأمين العام للمنظمة بهيئة تعاونه في اتخاذ القرار في الأمور الجوهرية التي تستلزم أخذ المشورة والاستعانة بذوي الخبرة ممن خدموا المنظمة ويتفهمون جيداً رسالتها وأهدافها، وذلك في الفترة الواقعة بين فترات انعقاد المكتب الدائم.
وللهيئة أن تستعين بمن تراه من أصحاب الخبرة والكفاءة.
تجتمع الهيئة الاستشارية العليا مرتين في السنة المالية على الأقل، كما تعقد الهيئة اجتماعات تنسيقية عشية انعقاد دورات المكتب الدائم والمؤتمر العام بهدف التنسيق والتشاور.
الأمانة العامة
هي الجهاز التنفيذي للمنظمة، يرأسها أمين عام ينتخبه المؤتمر العام ويعاونه جهاز إداري وفني.
يشرف الأمين العام على أجهزة المنظمة وإدارة أعمالها وتنفيذ أحكام الأنظمة واللوائح المتعلقة بأجهزة المنظمة ومؤسساتها وإعداد الميزانية السنوية ويمثل المنظمة أمام القضاء وفى علاقاتها بالغير.
تدار الأمانة العامة من خلال قطاعات رئيسية تحتوي كل منها على عدة إدارات.
باشراف الامين العام وادارة "رئيس قطاع"
قطاع الشؤون الخارجية والاعلام ونظم المعلومات.
قطاع الشؤون المالية والإدارية.