نشأت منظمة المشكاة الخيرية نتيجة لتنادي مجموعة من العلماء ورجال الأعمال السودانيين رجاء أن يسهموا في نشر العلم الشرعي ويعمقوا أثره في المجتمع، ويوسعوا دائرته بتعاونهم وتناصحهم وتكامل جهودهم. وقد تم تسجيل المنظمة رسمياً في شوال عام ١٤٢١هـ الموافق يناير ٢٠٠١م.

رسالة المنظمة وأهدافها:
إن منظمة المشكاة الخيرية تعمل علة نشر العلم الشرعي بين العامة والخاصة، وتلجأ في سبيل ذلك إلى كافة الوسائل المتاحة المشروعة، مع مراعاة الظروف الاجتماعية السائدة في أوساط المستهدفين من مشاريعها المختلفة، ودفع وتجميع جهود العلماء والدعاة وطلبة العلم.
لتحقيق هذه الرسالة وضعت المنظمة العديد من الأهداف العامة منها:
١-  الدعوة إلى الإسلام بشموله: عقيدةً، وشريعةً، ومنهاجَ حياة.
٢ - نشر العلم الشرعي في أوساط العامة والخاصة.
٣ - الاهتمام بالدعاة والخطباء والأئمة وطلاب العلم وكفالتهم

منهجنا:
هو منهج أهل السنة والجماعة وسلف الأمة الأخيار، ندعو إلى الله تعالى مستهدين بالقرآن الكريم والسنة النبوية.

إدارتنا:
فريق تنفيذي يشرف عليه مجلس الإدارة المنتخب من مجلس الأمناء.
للمنظمة مجلس استشاري يضم نخبة من الدعاة الموثوقين للتوجيه والرقابة والفتوى.