تأسست منظمة الأقليات لتكون صوتا لهذه المكونات العراقية (قليلة العدد) والتي اشتق منها اسم منظمتنا ولكنها عميقة الأثر والتأثير في محال الحياة الحضارية والسياسية والاجتماعية والثقافية لسكان وادي الرافدين وتتلخص أجندة المنظمة بما يأتي :-
تدعيم المؤسسات الدستورية وتفعيلها في بناء العراق الجديد.
مشاركة مؤسسات المجتمع المدني العراقية وإنضاج مهماتها في إنشاء مجتمع مدني يقوم على أساس السلم الأهلي وفكرة المواطنة والأمن الاجتماعي والتداول السلمي للسلطة واحترام حقوق الوطن والمواطن وتدعيم فكرة الديمقراطية وترسيخها وفق ما أقرته الأمم المتحدة في قوانين حقوق الإنسان ولوائح عدم التمييز وإقرار حقوق الأقليات والسكان الأصليين.
دعم الهوية الثقافية للأقليات وإبراز التنوع الحضاري الذي يشكل علامة فارقة للمجتمع العراقي والعمل على إنشاء مراكز ومنتديات ثقافية واجتماعية تهتم بتاريخ وهوية هذه الأقليات وبنتاجها الحضاري عموما واعتماد مختلف الوسائل الإعلامية للوصول لهذا الهدف.
متابعة الحصول على الحقوق السياسية والثقافية والتعليمية على وجه الخصوص لهذه الأقليات كونها استحقاقا وطنيا وتاريخيا يجب انجازه.
تبادل الخبرات في مجال العمل وسط الأقليات وبالتعاون مع المنظمات المناظرة لمنظمة الأقليات في العالم والاستفادة مما تقدمه المنظمات الدولية العاملة في هذا المجال للارتقاء بالمستوى الثقافي والاجتماعي والتعليمي والصحي والبيئي للأقليات العراقية.
تحرص منظمة الأقليات العراقية على ترسيخ احترام الخصوصية الدينية والقومية من قبل الأكثرية وفقا للمعايير الإنسانية والدولية وما أقرته الشرائع السماوية وبما يصون الكرامة الإنسانية ويرتقي بالفعل الإنساني إلى المستوى المتمدن والحضاري .