تحقق الهيئة أهدافها وتمارس نشاطها متقيدة بمنهج أهل السنة والجماعة المتسم بالوسطية والاعتدال، حريصة على تحقيق عبودية الله عز وجل التي خلق الجن والإنس من أجلها (وَمَا خَلَقْتُ الجِنَّ وَالإِنْسَ إِلاّ لِيَعْبُدُونِ).
الهيئة كيان واحد لا يتجزأ تلتزم أمانته العامة ومكاتبه المحلية والخارجية بالرسالة والسياسات والأهداف والوسائل والأنظمة واللوائح والإجراءات المعتمدة له.
تنفذ الهيئة مشاريعها بوسائلها الذاتية كلما كان ذلك ممكناً.
تعمل الهيئة على تحقيق أعلى معدلات الجودة في الأداء.
توظف الهيئة إمكاناتها في توثيق العلاقة بين المجتمعات الإسلامية.
لا تتدخل الهيئة في الشؤون الداخلية للدول والمنظمات.
التأكيد على تطبيق أسس ومعايير وآليات السوق بما يمكّن الهيئة من الحفاظ على ريادتها في أداء رسالتها وتنمية مواردها.
الوسائل
تتخذ الهيئة في سبيل تحقيق أهدافها أية وسيلة لا تتنافى مع الشريعة الإسلامية ، وعلى الأخص مايلي:
تلقي ما يبذله أهل الخير من ولاة الأمر ورجال الأعمال والمواطنين والمؤسسات من ذوي الهمم العالية من التبرعات بجانب حث المسلمين على التطوع بالجهد والتبرع بالمال.
تقديم الغوث والمساعدة للمحتاجين والمصابين من الكوارث والنكبات على مختلف الأصعدة الدعوية والإغاثية والاجتماعية والصحية والتنموية والتعليمية ، بما في ذلك إنشاء المساجد والمدارس.
إنشاء المستشفيات والمستوصفات ونحوها في المجتمعات الإسلامية المحتاجة لذلك، والقيام بإدارتها وتطويرها.
كفالة أيتام المسلمين ، وإنشاء الدور والمراكز الاجتماعية لهم وإدارتها.
إنشاء المشاريع والبرامج التي تساعد الهيئة على تنمية مواردها وتحقيق أهدافها.