يتكون الهيكل التنظيمي للشبكة الأورو-متوسطية لحقوق الإنسان من جمعية عامة، و لجنة تنفيذية، وأمانة عامة تقع مكاتبها في كوبنهاغن ولها مكتب فرعي في بروكسل، ومنسقي مشاريع في الرباط وعمان.
تستضيف الأمانة العامة للشبكة الأورو-متوسطية لحقوق الإنسان حاليا المنظمات التالية:
- المؤسسة الأورو-متوسطية لدعم المدافعين عن حقوق الإنسان
- الشبكة الدنماركية المعنية بالمبادرة الدنماركية للشرق الأوسط الكبير