تقوم المنظمة بتنفيذ أهدافها من خلال الآتي:
١- المؤتمر الكشفي العربي: وهو السلطة العليا التي ترسم السياسية العامة للحركة الكشفية في الوطن العربي ويتكون من ممثلي الهيئات الكشفية الأعضاء فيها وينعقد المؤتمر مرة كل ثلاث سنوات.
٢- اللجنة الكشفية العربية: وهي السلطة التنفيذية للمنظمة الكشفية العربية حيث يتولى أعضاؤها رعاية مصالح الحركة الكشفية في الوطن العربي وتتكون من سبعة أعضاء ينتخبهم المؤتمر بالإقتراع السري ولا يعتبرون ممثلين لأي من الهيئات الأعضاء وتجتمع اللجنة مرة في السنة على الأقل.
٣- الأمانة العامة للمنظمة: وتتكون من (الأمين العام - مديري الإدارات الفنية - موظفين متفرغين).