المستوي الإداري :
للبرنامج مدير عام يشرف علي أربعة دوائر رئيسية هي دائرة البرامج المجتمعية، ودائرة المرأة، و دائرة الأبحاث و التدريب، و دائرة العلاقات العامة. ولكل دائرة من الدوائر إدارة تقوم بالتخطيط والتنسيق لبرامجها التي تقودها، حيث يقوم كل موظف بأداء مهامه بالتنسيق مع مديره المباشر، ويتم تقييم لأداء الموظف كل نهاية عام.

المستوي المهني :
وللبرنامج مجلس إدارة يقوم بالإشراف علي سير الأداء والمراقبة ووضع السياسات العامة، وكذلك للبرنامج مجلس استشاري مكون من ٢٢ شخصية دولية ومحلية من الخبراء والمهتمين في مجال الصحة النفسية والعمل المجتمعي. وللبرنامج ثلاث مراكز متخصصة في دعم و تقوية المرأة ضمن دائرة خاصة وكذلك يوجد دائرة للتدريب والبحث العلمي. وفي كل دائرة يوجد طاقم من المهنيين الذين يعملون علي تنفيذ البرامج الخاصة بهم ضمن خطة سنوية يتم الاتفاق عليها ضمن التخطيط الاستراتيجي للبرنامج ككل.
 يضم البرنامج ثلاث مراكز مجتمعية منتشرة عبر محافظات قطاع غزة تقدم خدمات علاجية ووقائية من خلال مهنيين مختصين يشرف علي عملهم نائب المدير العام للشئون المهنية.