يقوم المركز المصري لدعم المنظمات الأهلية بتنفيذ أهدافه من خلال:
- التدريب والدعم الفني
- توفير المعلومات اللازمة لعمل منظمات المجتمع المدني
- توفير التمويل
- إعداد كوادر لدعم قطاع المجتمع المدني (مدربين وأخصائيين للعمل في منظمات المجتمع المدني)
- تشجيع وتنظيم عمل المتطوعين