تسعى الجمعية لتحقيق أهدافها بالوسائل التالية:
- وضع خطة متكاملة لتعزيز وتنمية حماية حقوق الإنسان في المملكة، واقتراح وسائل تحقيق هذه الخطة. 
-  إبداء الرأي فيما تستثيره فيه مؤسسات المجتمع المدني، من قضايا عامة أو خاصة، تتصل بحماية واحترام حقوق الإنسان وحريات المواطنين والجماعات والهيئات والدفاع عنها والنهوض بها.
- تقديم مقترحات وتوصيات إلى الجهات المختصة في كل ما من شأنه حماية حقوق الإنسان، ودعمها، وتطويرها إلى نحو أفضل. 
-  إبداء الرأي والمقترحات والتوصيات اللازمة فيما يعرض عليه أو من السلطات والجهات المختصة، بشأن المسائل المتعلقة بحماية حقوق الإنسان وتعزيزها.
- تلقي الشكاوى في مجال حماية حقوق الإنسان ورصدها ودراستها وإحالة ما يرى إحالته منها إلى جهات الاختصاص مع متابعتها، أو تبصير ذوي الشأن بالإجراءات الواجبة الإتباع ومساعدتهم في اتخاذها، أو تسويتها وحلها مع الجهات المعنية.
- تعزيز وضمان التناسق بين التشريع واللوائح والممارسات الوطنية والصكوك الدولية المتعلقة بحقوق الإنسان التي تعتبر المملكة طرفًا فيها والعمل على تنفيذها بطريقة فعالة. 
- المشاركة ضمن الوفود البحرينية في المحافل، وفي اجتماعات المنظمات المحلية والدولية المعنية بحماية حقوق الإنسان.
- الإعلام بحقوق الإنسان وبالجهود المبذولة لمكافحة جميع أشكال التمييز، لاسيما التمييز الطائفي و الديني عن طريق زيادة الوعي العام، وخاصة عن طريق الإعلام والتعليم وباستخدام جميع أجهزة الصحافة والإذاعة والتلفاز و غيرها .
- الإسهام بالرأي في إعداد التقارير التي تلتزم المملكة بتقديمها دوريًا إلى أجهزة و منظمات حقوق الإنسان، تطبيقًا لاتفاقيات دولية، وفي الرد على استفسارات في هذا الشأن.
- تقديم المقترحات اللازمة لدعم القدرات المؤسسية والفنية في مجالات حقوق الإنسان بما في ذلك الإعداد الفني والتدريب للعاملين في مؤسسات المملكة ذات الصلة بالحريات العامة، وبالحقوق السياسية والمدنية والاقتصادية والاجتماعية، والثقافية وغيرها، وذلك لرفع كفاءاتهم.
- التعاون مع الأمم المتحدة وجميع المؤسسات الأخرى في منظومة الأمم المتحدة والمؤسسات الإقليمية والمؤسسات الوطنية في البلدان الأخرى المختصة بمجالات تعزيز حقوق الإنسان وحمايتها.
- إصدار تقارير عن أوضاع وتطور جهود مملكة البحرين في مجال حقوق الإنسان على المستوى الحكومي و التشريعي و الأهلي.