تقوم وحدة التحليل الاستراتيجي بالتركيز على ثلاثة مجالات هامة على الصعيد الوطني: السياسة الخارجية، الأمن الوطني، والمفاوضات الفلسطينية - الإسرائيلية. يعمل برنامج السياسة الخارجية على دراسة القضايا الحساسة التي قد تواجه الدولة الفلسطينية الناشئة في علاقاتها مع الأطراف الدولية الرئيسية. يسعى البرنامج إلى تنسيق نشاطاته مع الجهات الرسمية الفلسطينية ذات العلاقة وعلى وجه الخصوص مع وزارة التخطيط والتعاون الدولي.
أحد اهتمامات هذا البرنامج الحالية هو علاقة فلسطين مع الولايات المتحدة والدول الأوروبية، لذا، فإن موضوعات البحث تشمل العلاقات الفلسطينية - الأمريكية والفلسطينية - الأوروبية وذلك في المرحلة التي ستلي تطبيق معاهدات السلام الدائمة، مع تركيز خاص على العلاقة الأمنية والتعاون الاقتصادي وموضوعات أخرى هامة في مجال التعاون والتحديات التي تواجه الأطراف المعنية. كما أن أحد الاهتمامات الأخرى، هي العلاقة ما بين فلسطين وإسرائيل. وتتركز موضوعات البحث في هذا السياق على العلاقة الأمنية، ومستقبل العلاقات السياسية والاقتصادية، و الموانع والإعاقات المحتملة لإيجاد سلام دائم، وتطبيق معاهدات السلام، والتحديات المشتركة التي قد تواجه الشعبين.
يركز برنامج الأمن الوطني على مشكلات ما بعد قيام الدولة بما فيها تعريف وفحص مصادر التهديد الأمني، ووسائل الدفاع عن النفس، وميزانية الدفاع. أما برنامج المفاوضات الفلسطينية - الإسرائيلية فيتضمن إعداد الأوراق البحثية، وأوراق عمل سياسية، وعقد اللقاءات المشتركة بين الأكاديميين وصناع القرار والخبراء والبرلمانيين وقادة الأحزاب السياسية بهدف دراسة الموضوعات المطروحة على أجندة مفاوضات الوضع النهائي.